In den Jenaer Stadtratsfraktionen wird die Kritik am Sonderausschuss lauter, der während der ausgesetzten Stadtratssitzungen in dringenden Fällen Empfehlungen für Eilentscheidungen an den Oberbürgermeister ausspricht. Nachdem bereits die Grünen das Verfahren kritisiert haben, schließen sich nach einem bericht der Mediengruppe Thüringen auch Linke und Sozialdemokraten an.
Die SPD fordert Stadtratssitzungen unter erhöhten Schutzmaßnahmen und verringerter Teilnehmendenzahl wieder stattfinden zu lassen. Die Partei sieht in der Verordnung des Freistaats Thüringen den nötigen Spielraum dafür. Sie bezieht sich auf den Vorschlag, Landtagssitzungen mit der Hälfte der Abgeordneten und weniger Publikum tagen zu lassen. Auch Fachausschüsse könnten zusammenkommen, weil sie in ihrer Größe der des Sonderausschusses entsprächen.
Die Linke kritisiert, dass der Sonderausschuss nicht die tatsächlichen Mehrheitsverhältnisse des Stadtrats widerspiegele. So gibt es im Stadtrat eine absolute Mehrheit der Stimmen durch die Fraktionen der Linken, der Grünen und der SPD, die im Sonderausschuss nicht abgebildet wird. Darüber hinaus sei das Initiativrecht der Fraktionen zu stark beschnitten, weil sämtliche Vorschläge im Sonderausschuss zunächst durch das Rechtsamt auf ihre Dringlichkeit überprüft werden.
Der Jenaer Stadtrat durfte im März nicht zusammenkommen, weil Allgemeinverfügungen der Stadt derzeit sämtliche Veranstaltungen untersagen. Daraufhin wurde ein Sonderausschuss eingerichtet, der lediglich eine beratende Funktion in dringenden Angelegenheiten übernehmen kann. Die nächste Sitzung des Stadtrats ist auf den 22. April datiert. Ob diese stattfinden wird, ist im Moment aber noch ungewiss.